The use of virulence and amplified fragment length polymorphism (AFLP) to study the genetic diversity of field isolates of Ustilago tritici
Notice bibliographique
Résumé
Jstilago tritici (Pers.)Rostr.is the casual agent of loose smut of wheat' The pathogen is seed-bome and rarely devastating, rather causing low to moderate annual losses.ln canada the disease is normally controlled by using resistant cultivars' Armual surveys of wheat fields allow us to monitor the incidence and severity of U' tritici' virulence analysis of collected isolates provides information to assess the effectiveness.ofhost resistance genes and study genetic diversity.Traditionally, isolates of U. tritici are collected during extensive surveys of large areas by sampling one smutted head from each infested field encountered.This study was conducted to determine if an intensive sampling of a few fields (20 smutted heads per f,reld from four fields) could yield as much information on genetic diversity as the traditional extensive sampling method (81 smutted heads collected from 81 fields), using AFLP and virulence data as a measure of diversity' Six wheat differentials were used in the virulence study.Of the161 isolates of U'tritici assessed, 17 different virulence combinations were observed' AMOVA F-test showed no significant differences in variability between the extensive and intensive collections using virulence data.In the AFLP analysis, 23 polymorphic loci were common for the extensive and intensive collections, and 40 different AFLP banding patterns were observed for isolates from the intensive collection and 59 for isolates from the extensive collections.Unlike virulence data, AMOVA F-test for AFLP data showed highly significant differences in variability between the extensive and intensive collections..The intensive sampling of 20 smutted heads per field from four fields resulted in a more genetically diverse collection than the extensive sampling of 81 heads from the technical advice and friendship shared by Cheryl, Graham, Frank, Cheri, Marcy' Chris, Sung, and Colin.Assistance with figures and slides was provided by Reg, Kathy and Mike.Assistance with statistical analysis \¡/as provided by Sheila Woods.I especially want to thank my
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».