Artificial Genetically Encoded Peptides and Proteins as Next-Generation Therapeutics: Selection of \nligands for Mycobacterium tuberculosis UDP-Galactopyranose Mutase as Potential Inhibitors.
Notice bibliographique
Résumé
Peptides and small proteins provide a dynamic platform for drug discovery and therapeutics. They \nhave a wide range of applications including inhibition of protein-protein interaction, inhibition of transporter \nand enzyme activity, imaging, and as co-crystallisation ligand for structural studies. In this study, we employed \nin vitro selection of ligands, using mRNA display, from an artificial genetically encoded library of \npeptides/proteins to identify candidates that bind the enzyme Mycobacterium tuberculosis UDPGalactopyranose mutase (MtUGM). The enzyme catalyzes the reversible conversion of UDP-galactopyranose \n(UDP-Galp) to UDP-galactofuranose (UDP-Galf), which is then assembled as the galactofuran layer in \nMycobacterium tuberculosis (Mtb) cell wall. Cell wall biosynthesis is essential for Mtb survival and \npathogenicity, deletion in genes involved in this process have proven lethal. We successfully identified \nmacrocyclic peptides (MCPs) and affibodies specific for MtUGM from a library with a diversity >1012 clones \nthrough random non-standard peptide integrated discovery (RaPID) system and mRNA display, respectively. \nEnrichment of positive binders was observed for both selection processes suggesting binding specificity. \nPrevious studies reveal that natural product-like MCPs can inhibit enzyme activity; their small size, \nconformational stability and high affinity for the target makes them attractive ligands. Thus, we hypothesize \nthat identified MCPs may show inhibition of MtUGM thereby halting cell wall biosynthesis. Discovered \naffibodies will be used for structural analysis of MtUGM. The World Health Organisation (WHO) reported \ntuberculosis (TB) caused by Mtb to be one of the leading causes of death worldwide, with increasing incidences \nof drug resistant strains necessitating discovery of novel therapeutics. Through our study, we present a novel \napproach for discovering peptide/protein-based ligands for MtUGM and hope to develop an assay for \nscreening MCPs for potential inhibitors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».