‘Bois noir’ in Hungary: tuf type b strain variability on 16S ribosomal gene
Notice bibliographique
Résumé
‘Bois noir’ (BN) - associated phytoplasmas were detected in Hungary since long time (Kolber et al., 1997), recently the presence of polymorphisms in some of the genes used as markers for strain differentiation was also reported (Contaldo et al., 2009). To further verify the consistence of molecular variability BN infected samples were collected in 2008-2010 from symptomatic grapevine plants from vineyards of variety Zweigelt located in Sopron area (near to the Austrian border), varieties Riesling-Sylvaner and Chardonnay from Etyek (near Budapest), unknown variety from Southeast Hungary, and from a variety Chardonnay from Eger. PCR/RFLP characterization was carried out on tuf gene (Langer and Maixner, 2004) using nested-PCR procedures, and restriction with HpaII enzyme showed that all the strains belong to tuf type-b (VK-II). Further molecular characterization on 16S rDNA gene, spacer region and beginning of 23S gene were carried out on 12 selected samples by RFLP analyses with TruI, BstUI, Hpy188I, and MboII restriction enzymes on diverse length amplicons. RFLP analyses on R16F2/R2 by BstUI and Hpy188I did not show differences among BN samples. The same amplicons digested with MboII show variability among BN strains: in particular three different profiles (a, b, and d) were observed. While the a profile was present in 4 samples, profile d was observed in 2 samples, and the c profile was observed in all the others. This last profile is very likely derived from a presence of a mixed infection by two BN strains recently differentiated on reference strains STOL and STOL-C (Contaldo et al., 2009, 2011). Selected grapevine samples were sequenced on 16S ribosomal region (about 1,500 bp), and virtual RFLP analyses carried out on R16F2/R2 amplicons showed in some cases differences between real and virtual RFLP profiles confirming the presence of mixed infection in samples with profile c. After Genbank search similar analyses on deposited BN strains showed identical Hpy188I profiles among a sample from Hungary and BN samples from Canada and Spain (EU086529 and AJ964960). These results clearly indicate that among BN strains belonging to tuf type-b there is a strain differentiation on 16S gene achievable using selected restriction enzymes. Further studies will clarify the epidemiological relevance of these strains in BN epidemics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».