Contributions of recurrent BRCA1 mutations to ovarian cancer cases in the French Canadian population of Quebec, and characterization of BRCA1-associated genomic anomalies
Notice bibliographique
Résumé
Establishing the frequency of BRCA1 mutation carriers and molecular pathways involved in ovarian cancer (OC) are important as it has been proposed that these patients might benefit from emerging chemotherapies, such as Poly (ADP-ribose) polymerase 1 (PARP) inhibitors. Here we report the frequency of BRCA1 mutations in OC cases found previously to recur in French Canadians (FC), a population exhibiting founder effects. We also report on genomic anomalies found in OC from mutation carriers. Mutation screening using PCR-based methods and/or a multiplex bead-array-based technology (Luminex) was largely limited to high-grade serous (HGSC) OCs. Approximately 5.7% (32/562) of mutation positive cases were identified in an analysis limited to the two most common mutations found in the FC population. We identified 10.7% of carriers in a more comprehensive mutation screen involving 11 alleles of a defined subcohort of 121 of the 562 cases that were ascertained over a three-year period at one Montreal-based hospital. The analysis of mutation positive tumors by single nucleotide polymorphism (SNP) BeadArray (Illumina) technology showed a high frequency of chromosomal anomalies involving copy number variants (CNV), loss of heterozygosity (LOH), and complex intrachromosomal rearrangements which overlap with genomic landscapes seen in HGSCs from the FC population observed previously by our group and others, as well as genomic patterns unique to mutation carriers. These results have confirmed the recurrence of specific mutations previously found in FC cancer families, further defined the frequency of BRCA1 mutation carriers in EOC cases, and defined genomic patterns in mutation carrier cases. These findings rationalize genetic testing of OC patients in this demographically defined population with the goal of improving health management of patients and reducing OC risk for their mutation carrier family members.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».