The continuing battle between wheat and Fusarium graminearum: understanding the molecular phylogenetic relationships, chemotype diversity and trichothecene biosynthesis gene expression patterns
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium head blight (FHB) continues to threaten the economic sustainability of wheat and barley production in Canada and worldwide. The overall goal of this thesis is to expand our current knowledge of the FHB pathogen, Fusarium graminearum and its trichothecene chemotype diversity. Continuous monitoring of trichothecene chemotypes may well inform on the potential risk and the type of Fusarium populations present in a given region. Fusarium populations in Winnipeg and Carman, Manitoba were examined using chemotype as a marker in the field. Rapid expansion of the 3-acetyldeoxynivalenol (3-ADON) chemotype was observed in Winnipeg and Carman. 3-ADON chemotype is consistently found at high frequencies over the previously common 15-acetyldeoxynivalenol (15-ADON) chemotype, suggesting that the shift in pathogen populations is continuing. This study provides the first evidence on the presence of nivalenol (NIV) producing F. cerealis strains in winter wheat in Manitoba, Canada. Therefore, discovery of NIV producing F. cerealis in wheat poses a serious concern for the wheat industry in Canada. Phylogenetic, chemotypic, phenotypic, and pathogenic abilities of 150 strains of F. graminearum species complex (FGSC) from eight countries were investigated. Type and amount of trichothecenes produced by a strain are key factors in determining the level of aggressiveness of that strain regardless of its species origin. The sequence variations of TRI8 gene in different species in the FGSC were examined as Fusarium species may produce different types of trichothecenes depending on differences in the core trichothecene (TRI) cluster genes. The TRI8 haplotypes did group according to chemotype rather than by species, indicating that 3-ADON, 15-ADON and NIV chemotypes have a single evolutionary origin. Comparison of TRI gene expression demonstrated that accumulation of TRI transcripts was higher in 3-ADON producing strains compared to 15-ADON and NIV strains. The presence of masked mycotoxins deoxynivalenol-3-glucoside (D3G) in food and feed is an increasing concern. Canadian spring wheat cultivars inoculated with different chemotypes produce D3G upon Fusarium infection and moderately resistant/intermediate cultivars showed higher D3G/DON ratio compared to susceptible cultivars.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».