The CTD of the elongation factor Spt5 modulates distinct pathways to determine chromatin identity
Notice bibliographique
Résumé
DNA in eukaryotic genomes is wrapped around histone octamers to form nucleosomes.Nucleosomes form higher order structures termed chromatin.Since chromatin is the biochemical substrate of RNA Polymerases that are responsible for mRNA synthesis, the level of compaction or accessibility of chromatin has a profound impact on gene expression.Heterochromatin is a condensed chromatin structure that represses transcription of repetitive DNA elements and developmental genes, and is required for genome stability.Paradoxically, transcription of heterochromatic sequences is required for establishment of heterochromatin in diverse eukaryotic species.As such, components of the transcriptional machinery can play important roles in establishing heterochromatin.How these factors coordinate with heterochromatin proteins at nascent heterochromatic transcripts remains poorly understood.In the model eukaryote Schizosaccharomyces pombe (S. pombe), heterochromatin nucleation can be coupled to processing of nascent transcripts by the RNA interference (RNAi) pathway, or to other post-transcriptional mechanisms that are RNAi-independent.In the second chapter, we show that the RNA polymerase II processivity factor Spt5 negatively regulates heterochromatin in S. pombe through its C-terminal domain (CTD).The Spt5 CTD is analogous to the CTD of the RNA polymerase II large subunit, and is comprised of multiple repeats of an amino acid motif that is phosphorylated by Cdk9.We provide evidence that genetic ablation of Spt5 CTD phosphorylation results in aberrant RNAidependent nucleation of heterochromatin at an ectopic location, as well as inappropriate spread of heterochromatin proximal to centromeres.In contrast, truncation of Spt5 CTD repeat number enhanced RNAi-independent heterochromatin formation and bypassed Chapter 2: Spt5 C-terminal repeat domain phosphorylation and length negatively regulate heterochromatin through distinct mechanisms
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».