DNA-based diagnostic tests for the detection of acetolactate synthase-inhibiting herbicide resistance in Amaranthus sp.
Notice bibliographique
Résumé
ALS-inhibitor resistance is increasing in Ontario, and at least fifty resistant populations of 'Amaranthus powellii' and ' A. retroflexus' have been confirmed as of April 2004. Resistance in these populations is due to the presence of one of four single nucleotide substitutions that alter different amino acids in the 'als' gene (A122T, A205V, W574L, S653T). Herbicide resistance can be detected by a seedling bioassay but this method takes too much time. PCR-RFLP and PASA are two DNA-based tests that rely on PCR. They have been used to detect herbicide resistance-conferring single nucleotide substitutions in other species and are much faster than a seedling bioassay. PCR Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) relies on PCR amplification of ' als' followed by digestion with specific restriction endonucleases. Each resistance-conferring substitution results in the gain or loss of a recognition site and thus fragments from resistant and wildtype PCR products differ in size. PCR Amplification of Specific Alleles (PASA) uses an allele-specific primer with a 3' terminal mismatch to wildtype DNA. (Abstract shortened by UMI.)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».