Epigenetics and stroke risk – beyond the static DNA code
Notice bibliographique
Résumé
Charles C Matouk,1 Paul J Turgeon,2 Philip A Marsden2,31Department of Neurosurgery, Yale University School of Medicine, New Haven, CT, USA; 2Department of Laboratory Medicine and Pathobiology, University of Toronto, Toronto, Canada; 3Keenan Research Centre and Li Ka Shing Knowledge Institute, St Michael's Hospital, Toronto, CanadaAbstract: Advances in high-throughput genome sequencing and genome-wide association studies indicate that only a fraction of estimated variability in stroke risk can be explained by genetic variation in protein-coding genes alone. Epigenetics is defined as chromatin-based mechanisms important in the regulation of gene expression that do not involve changes in the DNA sequence per se. Epigenetics represents an alternative explanation for how traditional risk factors confer increased stroke risk, provide a newer paradigm to explain heritability not explained by genetic variation, and provide insight into the link between how the environment of a cell can interact with the static DNA code. The nuclear-based mechanisms that contribute to epigenetic gene regulation can be separated into three distinct but highly interrelated processes: DNA methylation and hydroxymethylation; histone density and posttranslational modifications; and RNA-based mechanisms. Together, they offer a newer perspective on transcriptional control paradigms in blood vessels and provide a molecular basis for understanding how the environment impacts the genome to modify stroke susceptibility. This alternative view for transcriptional regulation allows a reassessment of the cis/trans model and even helps explain some of the limitations of current approaches to genetic-based screens. For instance, how does the environment exert chronic effects on gene expression in blood vessels after weeks or years? When a vascular cell divides, how is this information transmitted to daughter cells? This review provides an introduction to epigenetic concepts and a conceptual framework for understanding the shortcomings of an approach to stroke research that focuses solely on the static DNA code. Additionally, it will discuss classical and emerging mechanisms of epigenetic gene regulation that are especially relevant to large-vessel ischemic stroke.Keywords: DNA methylation, endothelial nitric oxide synthase, histone posttranslational modifications, long noncoding RNA, ANRIL, heritability
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».