Investigating freshwater bacterial diversity, community composition and function in hundreds of Canadian Lakes
Notice bibliographique
Résumé
Freshwater bacterial communities play important roles in global biogeochemical cycling and aquatic food webs, yet bacterial diversity, community composition, and community metabolism in freshwater ecosystems remain less explored compared to terrestrial and marine \necosystems. In this thesis work, I investigated bacterial communities in hundreds of lakes located across Canada, a country that contains millions of lakes. Utilizing 16S rRNA and metagenomic techniques, this research explores diversity patterns, community composition and functional \ncapabilities of lake bacterial communities and links variation in these three components to human-mediated alterations, specifically watershed land use types within lake watersheds. \n \nIn the first research chapter, I performed an investigation of communities in 403 lakes from seven ecozones. I identified distinct bacterial diversity patterns between western (Semi-Arid Plateaux, Prairies, and \nBoreal Plains ecozones) and eastern (Boreal Shield, Mixedwood Plains, Atlantic Maritimes, and Atlantic Highlands ecozones) Canada. The identified pattern was primarily influenced by lake physicochemistry including productivity, ion concentration, and lake depth. Bacterial community structure was influenced particularly by lake pH and trophic state. \n \nIn the next research chapter, I expanded the study to 621 lakes across 12 ecozones and explored variation in diversity and community composition patterns in relation to water quality and land use. Total phosphorus (TP) \nwas identified as a key variable shaping community composition, with notable shifts occurring at 110 μg/L TP. Variation in bacterial communities within the Prairies ecozone were driven by agriculture while urbanisation played a role in structuring community composition within the \nPacific Maritimes ecozone. \n \nIn the final research chapter, I investigated bacterial functional capabilities using gene-centric metagenomics. Physicochemical parameters emerged as top predictors of variation in functional gene composition, with xenobiotics biodegradation and metabolism notably influenced. Overall, the research presented in this thesis demonstrates that bacterial diversity, community composition, and community function exhibit variations across continental and regional scales that can be attributed to within-lake conditions and watershed land use types.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».