A Linkage Map of the Atlantic Salmon (Salmo salar) Based on EST-Derived SNP mMarkers
Notice bibliographique
Résumé
Background: The Atlantic salmon is a species of commercial and ecological significance. Like other salmonids, thespecies displays residual tetrasomy and a large difference in recombination rate between sexes. Linkage maps with fullgenome coverage, containing both type I and type II markers, are needed for progress in genomics. Furthermore, it isimportant to estimate levels of linkage disequilibrium (LD) in the species. In this study, we developed several hundredsingle nucleotide polymorphism (SNP) markers for the Atlantic salmon, and constructed male and female linkage mapscontaining SNP and microsatellite markers. We also investigated further the distribution of male and femalerecombination events across the genome, and estimated levels of LD between pairs of markers.Results: The male map had 29 linkage groups and was 390 cM long. The female map had 30 linkage groups as was 1983cM long. In total, the maps contained 138 microsatellite markers and 304 SNPs located within genes, most of which weresuccessfully annotated. The ratio of male to female recombination events was either close to zero or very large, indicatingthat there is little overlap between regions in which male and female crossovers occur. The female map is likely to haveclose to full genome coverage, while the majority of male linkage groups probably lack markers in telomeric regionswhere male recombination events occur. Levels of r2 increased with decreasing inter-marker distance in a bimodalfashion; increasing slowly from ~60 cM, and more rapidly more from ~12 cM. Long-ranging LD may be consequence ofrecent admixture in the population, the population being a 'synthetic' breeding population with contributions fromseveral distinct rivers. Levels of r2 dropped to half its maximum value (above baseline) within 15 cM, and were higherthan 0.2 above baseline for unlinked markers ('useful LD') at inter-marker distances less than 5 cM.Conclusion: The linkage map presented here is an important resource for genetic, comparative, and physical mappingof the Atlantic salmon. The female map is likely to have a map coverage that is not far from complete, whereas the malemap length is likely to be significantly shorter than the true map, due to suboptimal marker coverage in the apparentlysmall physical regions where male crossovers occur. 'Useful LD' was found at inter-marker distances less than 5 cM.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».