Molecular domestication and transposon contributions to plant genome evolution
Notice bibliographique
Résumé
Despite the ubiquity of transposons in eukaryotic genomes, their evolutionary role remains controversial. The discovery of several domesticated genes has suggested that transposons can gain host functions, and thus contribute to the evolution of their host. Here, I present the results of a genome-wide screen for transposon-derived host genes, which was based on the idea that, once domesticated, the open reading frame of such elements would be maintained, while terminal structures necessary for transposition would be lost. Eight-hundred-and-sixty-three such transposon-dissociated elements were mined from the genome of Arabidopsis thaliana var. Columbia-0, of which less than 10% are associated with expression data. Phylogenetic analysis of Mutator superfamily genes in the genomes of Oryza sativa ssp. japonica (cv Nipponbare) and Arabidopsis, including 121 Mutator-derived transposon-dissociated elements, found that only two gene families are taxonomically widespread. MUSTANG1, a member of one of these families, appears to be under purifying selection. Thus, despite the dearth of taxonomically widespread and/or expressed transposon-dissociated elements, MUSTANG1, as well as three transposon-dissociated elements that may be associated with mutant phenotypes, might be newly discovered transposon-derived host genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».