Molecular typing and genome expression profiling of organ- and host-specific «staphylococcus aureus» from bovine mastitis and human infections
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus has become a major concern in public health and dairy industry due to the rapid evolution of host/organ specialized lineages adapted to humans and major food animals. However, the mechanism(s) of host- and organ-specialization as well as the distribution of dominant clonal lines of S. aureus is presently ill-defined. We hypothesized that coding repeat markers in the intragenic region of clumping factor A (clfA) gene would be capable of detecting and grouping adaptive clones and revealing predominant types and that whole genome expression of these clones in mammary mimicked reduced oxygen condition would potentially reveal subsets of gene(s) responsible for pathways and mechanisms of host-specialization and selection in the mammary gland. Thus, the suitability of clfA was explored. Results indicated that 80% of clfA analyzed had repeat-copies between 44 and 57. Furthermore, human isolates were polymorphic, while mastitis isolates were clonal. The repeats were stable during passages in milk, nutrient broth, and invasion of mammary cells showing suitability for typing. In addition, dominance of a clonal motif in mastitis implied organ-specific selection in the mammary gland. This was further examined in isolates from different organs in human patients and from bovine mastitis. The results showed significant correlation between the organs sampled and the length of clfA. Twenty out of the 23 sputum isolates had lower copy-numbers of 43-48, while 21 out of the 24 skin isolates had 55-63 copies. Moreover, sequence alignments and phylogenetic analysis placed isolates from different hosts and organs into respective clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».