NEXT-GENERATION SEQUENCING AND MOTIF GRAFTING APPLICATIONS IN SYNTHETIC ANTIBODY DISCOVERY
Notice bibliographique
Résumé
The overall objective of this PhD project was to develop and validate methods for advancing the applications of two techniques, next-generation sequencing (NGS) and motif grafting, in synthetic antibody discovery.In the first part of this project, we developed an NGS-assisted antibody discovery platform by integrating phage-displayed single-framework synthetic antigenbinding fragment (Fab) libraries with Ion Torrent sequencing.We constructed a new singleframework synthetic Fab library containing 8.5 billion unique Fab clones, and validated its functionality by generating high affinity Fabs against Notch and Jagged receptors.We developed a rapid and simple method to link and sequence all diversified complementarity-determining regions (CDRs) in phage Fab pools without losing the CDR pairing information.We identified and reconstructed low-frequency rare Fab clones from NGS information in a reliable and highthroughput manner.In some cases, reconstructed rare clones (frequency ~0.1%) showed higher affinity and better specificity than high-frequency top clones isolated by Sanger sequencing, highlighting the importance of NGS in synthetic antibody discovery.In the second part of this project, we employed motif grafting to semi-rationally design phage-displayed synthetic Fab libraries that are biased towards interacting with a specific site on a receptor.We used structural information on the epidermal growth factor receptor (EGFR) homo-dimerization interaction to design a structure-guided Fab library that was biased towards interacting with domain II of EGFR.We used this structure-guided Fab library to obtain Fabs against the EGFR extracellular domain.For comparison, we used a naïve synthetic Fab library to generate an anti-EGFR Fab whose binding overlapped with the Fab isolated from the structure-guided Fab library.Both Fabs possessed low-nM binding values for recombinant and cell-surface EGFR and inhibited EGFmediated EGFR activation.Epitope mapping showed that domain II is partially responsible for the interaction of Fabs with EGFR.Further, both Fabs target unique epitopes that are different from previously validated epitopes on EGFR.In total, this PhD project resulted in novel methods for discovering synthetic antibodies using NGS and motif grafting techniques, three functional Fab libraries and numerous high-affinity Fabs against Notch, Jagged and EGF receptors.VDJ segments Variable (V), diversity (D) and joining (J) germline gene segments VEGFR-1 Vascular endothelial growth factor receptor 1 V H Variable heavy domain V L Variable light domain WT Wild type
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».