Potential role of Toll-like receptor 2 expression and polymorphisms in colon cancer susceptibility in the Saudi Arabian population
Notice bibliographique
Résumé
Abdelhabib Semlali,1,2 Narasimha Reddy Parine,2 Nouf S Al-Numair,3,4 Mikhlid Almutairi,5 Yousef M Hawsawi,3 Abdullah Al Amri,2 Abdulrahman M Aljebreen,6,7 Maha Arafah,6 Majid A Almadi,6,7 Nahla Ali Azzam,6,7 Othman Alharbi,6,7 Mohammad Saud Alanazi2 1Groupe de Recherche en Écologie Buccale, Département de stomatologie, Faculté de Médecine Dentaire, Université Laval, Quebec City, QC, Canada; 2Genome Research Chair, Department of Biochemistry, College of Science, King Saud University, Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia; 3Department of Genetics, King Faisal Specialist Hospital and Research Centre, Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia; 4College of Medicine, Alfaisal University, Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia; 5Zoology Department, College of Science, King Saud University, Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia; 6College of Medicine, King Saud University, Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia; 7Division of Gastroenterology, King Khalid University Hospital, Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia Background: Inflammation is a fundamental factor that contributes to the development and progression of several types of cancer including colon cancer. Toll-like receptors (TLRs) and their signaling pathways have been reported to be associated with chronic inflammation and thereby induced cancer. Our aim was to investigate the expression and polymorphisms of TLR2 and their association with colon cancer. Methods: Real-time PCR and immunohistochemistry were used to investigate TLR2 gene expression and to evaluate the potential risk of predisposition to colon cancer caused by three tagging single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on TLR2, including rs3804100, rs4696480, and rs3804099. TaqMan assay was conducted on samples from 115 patients with colon cancer and 102 age- and sex-matched normal individuals. Results: We found that, TLR2 was highly expressed in epithelial colon cancer cells and both TLR2 mRNA and protein levels, and significantly decreased in tumor tissues compared to normal tissues. Two of three TLR2 SNPs increased the risk of colon cancer. However, TLR2 rs3804099 increased the risk of colon cancer development by more than 3.8- and 5-fold in female patients and patients aged less than 57 years, respectively. The T allele of TLR2 rs3804100 showed a significant association with patients less than 57 years. In silico analysis of the TLR2 nucleotide substitution in SNP rs3804100 and rs3804099 determined that 67% and 70% probability of these single nucleotide variants alter splicing phenotypes, rs3804100 more specifically result on activating an additional splice site. Genotype and allele frequencies of rs4696480 were similar between the overall study populations. Thus, TLR2 rs4696480 appear to be not involved in colon cancer in our study population. Conclusions: There was a significant link between innate immunity deregulation through disruption of the TLRs and potential development of colon cancer. These SNPs can be used as screening markers for predicting colon cancer risk earlier in life to implement necessary prevention. Keywords: colon cancer, gene expression, genotyping, polymorphism, Toll-like receptors, innate immunity
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».