Reliability and reproducibility in targeted eDNA detection: the implications of species distributions and genetic diversity
Notice bibliographique
Résumé
Environmental DNA (eDNA) sampling is an established tool for biodiversity studies. The design of assays to detect species’ DNA in samples underpins this tool. Although much progress has been made to develop validation frameworks for assay performance, an in silico validation framework is sorely missing. A conceptual framework was developed to incorporate the elements of assay design and likely outcomes of assay performance through a step-by-step decision tree evaluating in silico sensitivity and specificity. Using an in silico PCR tool, the sensitivity and specificity of published assays were evaluated to determine the potential ability of an assay to amplify and detect known target and non-target species sequences and place them within the conceptual framework. Results showed that most published assays tested exhibited the potential for Type I and/or Type II errors, with very few assays showing unique species specificity. Results also demonstrate that in silico validation can predict potential problematic non-target species co-amplification. The developed conceptual framework demonstrates the ability to provide a robust and reproducible in silico validation step highlighting key components of the design stage that need to be published to improve transparency, repeatability, reproducibility, and confidence in eDNA sampling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,128 | 0,184 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,006 |
| Communication savante | 0,007 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».