Targeted enrichment and viral metagenomics in the detection of livestock and wildlife viruses
Notice bibliographique
Résumé
This thesis focuses on metagenomic viral detection based on high-throughput sequencing. Metagenomics sequencing results in a mixture of sequences, including viral, host and other non-target sequences. Metagenomic viral detection can lack sensitivity due to the low incidence of viral sequences in these mixtures. For this reason, enrichment methods are often employed in metagenomic viral detection. Targeted enrichment is a method based on the hybridization of probes designed to enrich the desired target from a mixture. ViroCap is a method of targeted enrichment designed for vertebrate viruses. It has previously been validated to aid in the detection of viruses from human samples. The second chapter of this thesis describes the evaluation of ViroCap in 10 wildlife and livestock hosts. Enrichment was calculated on a blinded panel of 24 animal and zoonotic viral species. The average enrichment of percent-viral-reads across the 22 viral families tested was 182-fold. Depth of coverage increased 123 times and breadth of coverage increased by 43%. In addition, 6 unexpected viruses were detected. Chapter 3 of this thesis describes the results of the use of viral metagenomics and ViroCap enrichment in a diagnostic disease investigation. ViroCap enrichment and metagenomic high-throughput sequencing revealed the presence of 4 viruses in a mass die-off of Canada and Snow geese, including avian metapneumovirus and avian adeno-associated virus. In addition, the entire genome sequence of a novel species of Gammacoronavirus is described. The first sequence information of goose adenovirus in Canada is also described. Chapter 4 describes the fecal virome of arctic and red foxes. 6 viral families were detected with the use of ViroCap targeted enrichment. A diversity of divergent circoviruses and parvoviruses are described. In addition, numerous avian influenza and canine kobuvirus subtypes were also detected in the feces of several arctic foxes. In conjunction with the description of wildlife viromes, this thesis establishes the utility of targeted enrichment in the detection of livestock and wildlife viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».