Combining Genotypic, Phenotypic and Pedigree Information to Analyze Functional Traits in Dairy Cattle
Notice bibliographique
Résumé
Reliabilities of genomic estimated breeding values (GEBV) for functional traits, e.g. health, fertility and reproduction, remain low compared to those for production in dairy cattle. This is likely because large training populations are required for evaluation of lowly heritable traits. Different strategies have been proposed to overcome this limitation, such as the use of genotyped cows, inclusion of external bulls (multi-trait across-country evaluation, MACE), and adoption of different methodologies, such as the simultaneous use of genotyped and non-genotyped animals, known as the single-step genomic BLUP (ssGBLUP). Thus, the main objectives of this thesis were to evaluate strategies for combining genotypic, phenotypic and pedigree information to analyze functional traits in Holstein cattle and investigate the effects of two deleterious recessive haplotypes (AH1 and AH2) on reproduction performance of Canadian Ayrshire cattle. Data for various functional traits recorded in Canada and MACE estimated breeding values were obtained from the Canadian Dairy Network (CDN, Guelph, Canada). Additionally, information of carriers and non-carriers bulls for AH1 and AH2 were used to investigate their effects on reproductive performance. Genomic predictions were obtained using multi-step and single-step GBLUP under different strategies, such as adding genotyped cows in the evaluation, integrating MACE information, blending traditional and genomic evaluations, and using different proportions of polygenic effect. A genome-wide association study and functional analyses were also performed for three fertility disorders, namely retained placenta, metritis and cystic ovaries. Genomic predictions for functional traits benefited greatly from simultaneous use of phenotypes, pedigree, and genotypes. Integration of MACE data using ssGBLUP yielded the highest reliabilities compared to other methods and also helped reduce bias of genomic predictions. Effects of AH1 and AH2 on reproductive performance of Canadian Ayrshire cattle were validated. A negative effect of AH1 on stillbirth rates was observed, whereas AH2 had a negative impact on 56-day non-return rate. These findings provide valuable information on strategies to more accurately predict GEBV for functional traits in dairy cattle by adopting ssGBLUP and different sources of domestic and foreign information. Biological understanding of reproductive disorders and validated lethal haplotypes affecting fertility will help enhance accuracy of selection and mating plans in the Canadian dairy cattle breeding programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».