Defining early CD8+ T cell responses during acute and chronic viral infection using single-cell RNA-seq analysis
Notice bibliographique
Résumé
CD8+ T cells are key in mediating immune responses to viral infections. Viral infections can be acute, in which the infection is resolved, or chronic, when antigen persists. Several studies have illustrated that CD8+ T cells adopt distinct functional states in each infection type. In acute infections, naïve CD8+T cells differentiate into cytotoxic CD8+ T cells and memory CD8+ T cells. In chronic infections, activated CD8+ T cells adopt an altered state known as exhaustion. Exhausted CD8+ T cells lose effector functions and show high expression of inhibitory receptors such as PD-1. Several studies have characterized CD8+ T cell exhaustion at late time-points after a persistent infection has already been established. Recent studies demonstrate that CD8+ T cell exhaustion may be specified during earlier phases of a developing chronic infection. However, these studies do not address the effect of biological sex on early CD8+ T cell responses to chronic infection. Sex differences in susceptibility and outcomes of viral infectious diseases are well-appreciated. Still, the role of sex in the development of CD8+ T cell exhaustion and in the molecular programs underlying CD8+ T cell responses to acute and chronic viral infections remains undefined. This study, therefore, set out to investigate early and sex-based differences in the transcriptional profiles of CD8+ T cells that underlie their responses to acute versus chronic viral infection. The mouse model of acute and chronic lymphocytic choriomeningitis virus infection was used to comparatively analyze transcriptional signatures of single antigen-specific CD8+ T cells during acute versus chronic infection at multiple time-points post-infection. Next sequencing coupled with bioinformatics-based approaches were used to analyze our single-cell RNA sequencing data. Our results reveal an early transcriptional divergence of CD8+ T cells responding to acute versus chronic viral infection. We show that there are sex-specific differences in the transcription profiles, pro-inflammatory cytokine production and clonal expansion of single antigen-specific CD8+ T cells responding to acute versus chronic viral infection at an early time-point and at peak of infection. Overall, the findings in this thesis uncover novel insights into how and when sex differences in CD8+ T cell immunity to acute and chronic viral infection arises and provides the foundation for future sex-based mechanistic studies of CD8+ T cell differentiation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».