Genomic analysis of signaling by vitamin D3 and its analogs in head and neck SCC25
Notice bibliographique
Résumé
The hormonal form of vitamin D3, 1,25-dihydroxyvitamin D 3 (1,25(OH)2D3) is well known for its role in regulating calcium homeostasis. However, many studies have shown 1,25(OH) 2D3 and its analogue EB1089 have broad potential as anticancer agents due to their antiproliferative and pro-differentiating activities. Here, we examined the effects of 1,25(OH)2D3 and EB1089 on proliferation and target gene regulation of human head and neck squamous cell carcinoma (SCC) lines SCC4, SCC9, SCC15 and SCC25 and mouse AT84 SCC cells. A range of sensitivities to 1,25(OH)2D3 and EB1089 was observed, from complete G0/G1 arrest of SCC25 cells to only 50% inhibition of SCC9 cell growth. We have analyzed the molecular mechanisms underlying the antiproliferative effects of EB1089 on SCC25 cells by screening over 10,000 genes on cDNA and oligonucleotide arrays. These studies have identified ~200 novel target genes of 1,25(OH)2D3/EB1089, many of which are essential for normal DNA repair, are markers of cellular differentiation, or are key cell cycle regulators. One of these is the growth arrest and DNA damage (GADD45alpha) gene. Induction of the GADD45alpha gene and its encoded protein in EB1089-treated cells was confirmed by northern and western blotting, respectively. Moreover, while expression of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) was reduced in EB1089-treated cells, coimmunoprecipitation studies revealed increased association between GADD45alpha and PCNA in treated cells, consistent with the capacity of GADD45alpha to stimulate DNA repair. Our data also show that amphiregulin, a member of the epidermal growth factor family, is a 1,25(OH)2D3 target gene, and suggest that its induction may contribute to the growth inhibitory effects of 1,25(OH) 2D3. In addition, we show that 1,25(OH)2D 3 analogues induce expression of the cyclin-dependent kinase inhibitor p27KIP1 in different cell types by inhibiting expression of subunits of the SCFSKP2 ubiquitin liga
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».