Investigation des éléments génomiques impliqués dans la perte de virulence d'Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida suite à un stress thermique
Notice bibliographique
Résumé
Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida est l'agent étiologique de la furonculose chez les salmonidés, spécialement les poissons d'élevage. Les pertes économiques pour l'aquaculture au Québec liées à cette maladie sont considérables. En raison des traitements par antibiotiques, on observe une émergence de souches d'A. salmonicida ssp. salmonicida résistantes aux antibiotiques. C'est pourquoi différentes alternatives, dont la vaccination, sont étudiées afin de prévenir la furonculose. Généralement, les vaccins utilisés injectent des bactéries mortes. En revanche cette méthode peut être laborieuse et inefficace. Ce projet s'intéresse au développement de souches vivantes atténuées qui pourraient être utilisées comme vaccin dans les piscicultures. Des études antérieures ont démontré que la virulence de la bactérie pouvait être atténuée lorsqu'exposée à un stress. Cela est expliqué par la perte des gènes du système de sécrétion de type trois (SSTT), qui ont un rôle essentiel dans la virulence de la bactérie. Cependant, le mécanisme reste encore inconnu et conséquemment, ce projet avait comme principal objectif d'identifier et caractériser les différents éléments génomiques pouvant contribuer à l'instabilité du SSTT. Tout d'abord, plusieurs souches d'A. salmonicida ssp. salmonicida ont été cultivées à 25 °C, ce qui est supérieur à leur température optimale de 18 °C. Les résultats ont révélé que certaines souches pouvaient perdre leur SSTT, mais que d'autres étaient réfractaires à la délétion des gènes malgré leur exposition à un stress. Une analyse génomique de ces différentes souches a permis d'identifier la présence d'un regroupement de gènes qui semble jouer un rôle dans l'instabilité du SSTT. Ces gènes sont retrouvés en majorité chez les souches sensibles et ils sont absents pour les souches réfractaires. Ce regroupement de gènes sera étudié en vue de créer des souches atténuées à partir de souches réfractaires. Ces souches seront ensuite testées sur les poissons pour déterminer l'efficacité de cette approche vaccinale contre la furonculose.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».