Investigating survival mechanisms of Yersinia ruckeri in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss
Notice bibliographique
Résumé
Yersinia ruckeri' causes hemorrhagic septicemia of salmonid fish. We hypothesized that the ability to persist inside infected fish was a key component of virulence strategy of 'Y. ruckeri' and aimed to identify survival-essential genes of 'Y. ruckeri' serotype 1 strain, RS1154. After two rounds of screening of 1056 miniTn5Km2 signature-tagged mutants, 25 mutants that did not survive in kidney at 7 days post-infection in immersion infected rainbow trout were selected for further study. Sequencing of interrupted genes in selected mutants identified genes homologous to ' znuA', which encodes a component of a zinc transporter in ' Escherichia coli', and 'uvrY', which encodes the response regulator of BarA-UvrY two-component system (TCS) in 'E. coli'. The 'uvrY' mutant was hypersensitive to H2O 2-mediated killing and was less invasive to 'Epithelioma papulosum cyprini' fish cells than wild type (WT) bacteria, but was not affected in serum sensitivity or growth under iron-limiting conditions. In a competitive infection with WT, the 'uvrY' mutant had lower infection loads in rainbow trout kidney. When present in a low-copy plasmid, the 'znuACB' locus of 'Y. ruckeri' fully restored growth of a zinc-transport deficient [Delta]' znuACB' mutant of 'E. coli' in Luria-Bertani (LB) medium supplemented with 2.0 mM ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA), indicating that 'znuACB' locus of 'Y. ruckeri' is likely involved in zinc transport. Unlike [Delta]'znuACB' mutants of 'E. coli', [Delta]'znuACB' mutant of ' Y. ruckeri' did not show poor growth in zinc-deficient M9 medium and LB medium supplemented with metal chelators, EDTA and tetrakis-(2-pyridylmethyl)-ethylenediamine, suggesting presence of additional zinc transporters in 'Y. ruckeri '. The 'znuA' mutant of 'Y. ruckeri' was out-competed by WT in rainbow trout kidney. Survival of 'Y. ruckeri' in rainbow trout was also reduced with mutations in gene homologs encoding an O-antigen polymerase (' wzy'), peptidoglycan deacetylase ('pdaA'), protease ('ptrA'), bundle-forming pili ('rcpA'), ATPase of DNA segregation ('parA') and transposase of Tn7, bacteriophage tail fiber-like protein and genes of unknown functions. Characterization of survival-essential genes in fish helps identify new virulence genes and contributes to understanding survival strategies and pathogenic mechanisms of ' Y. ruckeri'.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».