A Mixed Biosensing Film Composed of Oligonucleotides and Poly (2-hydroxyethyl methacrylate) Brushes to Enhance Selectivity for Detection of Single Nucleotide Polymorphisms
Notice bibliographique
Résumé
This work has explored the capability of a mixed film composed of oligonucleotides and oligomers to improve the selectivity for the detection of fully complementary oligonucleotide targets in comparison to partially complementary targets which have one and three base-pair mismatched sites. The intention was to introduce a “matrix isolation” effect on oligonucleotide probe molecules by surrounding the probes with oligomers, thereby reducing oligonucleotide-to-oligonucleotide and/or oligonucleotide-to-surface interactions. This resulted in a more homogeneous environment for probes, thereby minimizing the dispersity of energetics associated with formation of double-stranded hybrids. The mixed film was constructed by immobilizing pre-synthesized oligonucleotides onto a mixed aminosilane layer and then growing the oligomer portion by surface-initiated atom transfer radical polymerization (ATRP) of 2-hydroxy methacrylate (PHEMA). The performance of the mixed film was compared to films composed of only oligonucleotides in a series of hybridization and melt curve experiments. Surface characterization techniques were used to confirm the growth of the oligomer portion as well as the presence of both oligonucleotides and oligomer components. Polyatomic bismuth cluster ions as sources for time-of-flight secondary ion mass spectrometry experiments could detect both components of the mixed film at a high sensitivity even though the oligomer portion was at least 200-fold in excess.\nAt the various ionic strengths investigated, the mixed films were found to increase the selectivity for fully complementary targets over mismatched targets by increasing the sharpness of melt curves and melting temperature differences (delta Tm) by 2- to 3-fold, and by reducing non-specific adsorption. This resulted in improved resolution between the melt curves of fully and partially complementary targets. A fluorescence lifetime investigation of the Cy3 emission demonstrated that Cy3-labeled oligonucleotide probes experienced a more rigid microenvironment in the mixed films.\nThese experiments demonstrated that a mixed film composed of oligonucleotides and PHEMA can be prepared on silica-based substrates, and that they can improve the selectivity for SNP discrimination compared to conventional oligonucleotide films.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».