Modified BG sentinel trap as an alternative to CDC for Flavivirus surveillance in Italy
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION. Early detection of pathogens in arthropod vectors is highly important in prevention of vectorborne diseases and has the potential of providing the timely indicator of pathogens circulation before reaching \nhumans. Here we propose a BG Sentinel trapping method based on the maintenance of mosquitoes alive \nthrough a sugar delivery system that avoids the need of cool chain for their preservation. This approach might \nbe particularly useful in arbovirus surveillance and can be a possible alternative to CDC traps used for WNV \nsurveillance in Italy. \nMATERIALS AND METHODS. BG-sentinel trap baited with BG-lure and CO2, modified to collect mosquitoes in a \nchamber containing a honey-based solution as a feeding source (Timmins et al., 2018 J Med Entomol. 55: 1638- \n41), was compared to CDC-CO2 trap in 10 sites of Veneto region characterized by both high vector densities and \nviral circulation of WNV and USUV. Overall, 4 captures per site have been carried out on alternate weeks from \nJuly to August 2019. BG traps worked for two consecutive days while CDC were active for one day. Mosquitoes \nwere identified and RNA was extracted from pools and screened for the presence of Flavivirus using a one-step \nSYBR Green-Based rRT-PCR and sequencing (Scaramozzino et al., 2001 J Clin Microb. 39: 1922–27). Data were \nstatistically analysed through GLM models. \nRESULTS AND CONCLUSIONS. In total, 39,313 mosquitoes were collected. The BG caught higher species \ndiversity (Shannon H, BG:0.98 CDC:0.40) with better identification rates (BG:0.02%, CDC:3.2%) but with lower \n1-day median trapped mosquitoes (BG:169, CDC:267), comparable only at low density. Median abundances of \nCulex pipiens were higher for CDC (BG:96, CDC:189) but no differences were observed at 2-days sampling. Equal \nor greater abundance of secondary vectors was observed in BGat1-day sampling (Ochlerotatus caspius BG:8.5, \nCDC:10.5; Aedes albopictus BG:7.5, CDC:1). Flavivirus prevalences were equivalent at 2-days sampling (WNV, \nBG: 0.027% CDC: 0.03%; USUV, BG: 0.054%, CDC: 0.06%). In conclusion, this modified BG shows useful \nperformance in arbovirus surveillance: i) working for consecutive days without the need of cool chain; ii) \ncollecting a higher number of species -and potentially viruses- than CDC ensuring an increase in species \nidentification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».