The paradox of the retinoic acid receptor beta 2 in cancer /
Notice bibliographique
Résumé
Introduction. Recent lines of evidence suggest that retinoids1,2 and RARbeta23 may have both beneficial and harmful effects in cancer. Little is known regarding the specifics of RARbeta2 promoter silencing in cancer, or about the role that RARbeta2 plays in RARbeta2-expressing cancer cells. Objectives. To analyze the patterns and heritability of RARbeta2 promoter methylation in cancer and determine whether it is subject to allelic bias; and to analyze the effects of RARbeta2 knockdown on growth and mRNA expression profiles in cancer. Methods. RARbeta2 promoter methylation was analyzed in 20 parental cancer cell lines and 5 subcloned lines using bisulfate genomic sequencing (>150 sequencings); the proportion of methylated alleles was estimated using methylation-sensitive restriction enzyme digestion followed by PCR and single nucleotide polymorphism identification; 18 antisense oligonucleotides against RARbeta2 were tested in various cancer cell lines using RT-PCR, cell counting and annexin V staining; and gene expression profiles were compared following knockdown versus all trans retinoic acid (ATRA) stimulation using cDNA microarray technology (>14,000 genes), SOURCE and GOMINER databases. Results. Hypo- and hypermethylated alleles frequently co-exist in lines in which RARbeta2 is inactivated (5111, 45%); divergent methylation is heritable in the majority of subclones analyzed (618, 75%); and methylation is subject to allelic bias at a ratio of ~2:1 (3l3 CpG sites, 100%). Cellular proliferation is correlated with RARbeta2 expression levels (p=0.0003); the most effective oligo reduces cellular proliferation by up to 80% in cancer cell lines in which RARbeta2 expression has been retained (313, 100%), but has no apparent effects in lines in which it has been lost (313, 100%); reduction in cell growth following oligo treatment is at least partially due to activation of programmed cell death; and over a dozen pro-carcinogenesis genes are downr
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».