Population genomic structure of endangered caribou in British Columbia
Notice bibliographique
Résumé
Wildlife populations in Canada and around the world are increasingly challenged by pressures resulting from human-induced environmental change. Human activity is also rapidly removing or fragmenting habitat, leading to population declines and restricting genetic exchange among populations. Caribou (Rangifer tarandus) are particularly vulnerable to these threats, with recent significant declines in multiple populations across western Canada having led to caribou groups—defined as “Designatable Units” (DUs), comparable to Evolutionarily Significant Units (ESUs)—being listed as endangered, threatened, or of special concern under the Canadian Species at Risk Act. Canadian caribou have been subject to genetic studies aimed at characterizing genetic variation and population structure to help inform species management and conservation decisions. With the rise of new technologies, it is now feasible to bolster previous genetic work with genomic data. Using 766 individuals from 43 currently recognized populations distributed across British Columbia (BC) and trans-provincially, we conducted a study of genetic diversity by examining approximately 75,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) found throughout the caribou genome. We combined individual-based genomic and spatial data to characterize caribou population structure across BC, delineate/clarify DUs, and identify populations/individuals contributing most to local and regional genetic diversity. n this study, we demonstrate that population genetic differentiation in BC caribou does not fully align with the currently recognized DUs (which have been defined in previous caribou assessments based on a combination of genetic, phylogeographic, ecological, and behavioral factors). Based on genomic data, caribou cluster into more genetic groups than the four DUs currently found in BC. This indicates that caribou DUs and management actions in BC could be revised in light of new genomic information to maximize species survival and evolutionary potential. The need to revisit caribou DU delineation also suggests a need to rethink the definition of a caribou DU in the context of populations, metapopulations, and ESUs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».