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Enregistrement W7005464364

A prophylactic probiotic to fight paenibacillus larvae infection in honey bees

2020· other· en· W7005464364 sur OpenAlexaboutno aff

Notice bibliographique

RevuecIRcle (University of British Columbia) · 2020
Typeother
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Bioinformatics, and Biomedical Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAmerican foulbroodPopulationVomitoxinProteogenomics
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Honey bees are the most critical crop pollinators worldwide and for the last decades mostly a single antibiotic has been used to protect them from American foulbrood (AFB), a lethal larval disease caused by the bacterium Paenibacillus larvae. Oxytetracycline (OTC) is the only approved prophylactic antibiotic for P. larvae infection in Canada, which has triggered resistant strains. While only the first larvae stages are vulnerable to AFB, consequences are lethal. Early microbiology, genomics and proteomics studies have identified molecular differences between the AFB resistant honey bee stages and the vulnerable larvae. Profiles of the immune factors, such as antimicrobial peptides (AMPs), and a characteristic commensal gut bacteria (CGB) community are key differences. Through this work we want to develop a new prophylactic for AFB, based on the molecular differences between the adult honey bee and the larvae. Specifically, a commensal bacterium strain that expresses and secretes naturally occurring AMPs targeting P. larvae vegetative cells. To identify AMPs candidates to be used as potential prophylactics, we pursued to uncover host-microbe specific responses of the adult honey bee. Through susceptibility assays we tested the inhibitory activity of characteristic honey bee and fruit fly naturally occurring AMPs against P. larvae, CGB (Bartonella apis, S. alvi and Bifidobacterium asteroides), and non-commensal bacteria (Bacillus subtills and Escherichia coli). To look for potential dysbiosis caused on the gut microbiota caused by the candidate AMPs we conducted an in vivo feeding experiment and proceeded with quantitative PCR (qPCR) and 16S rRNA deep amplicon sequencing, determining changes in size and composition. Jelleine and melittin (AMPs) were chosen as final candidates to attempt to be expressed and secreted by S. alvi. Then, we predicted the Sec pathway-dependent extracellular proteins and with a mass spectrometry based-proteomics experiment explored the signal peptides secretion dynamics. Finally, we suggested the signal peptides to be used for the expression and secretion of jelleine and melittin in S. alvi., offering a pioneering approach in the understanding and application of honey bee gut commensals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,514
Score d'incertitude au seuil0,987

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,196
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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