Repeats-In-Toxin Adhesion Proteins: What Makes Them Stick?
Notice bibliographique
Résumé
Bacteria use adhesion proteins (adhesins) to bind substrates on biotic and abiotic surfaces to initiate biofilm formation. These bacterial communities can be detrimental to a host when, for example, they cause teeth plaques, chronic infections, and the contamination of food products. On the other hand, they can also promote plant growth and the degradation of oils, depending on the organism. Characterizing adhesin interactions may present opportunities to inhibit destructive biofilms and reinforce the advantageous ones. A subgroup of these proteins called Repeats-In-Toxin adhesins are exported by a type 1 secretion system and are retained on the outer membrane of some Gram-negative bacteria. This thesis examined C-terminal ligand-binding domains from three different adhesins: 1) The large adhesion protein from the oil- degrading bacterium Marinobacter hydrocarbonoclasticus, contains a PA14 domain with the ability to bind specific carbohydrates. This 20-kDa domain was tested as a dextran-affinity tag for purification of recombinant proteins on dextran-based size-exclusion resins. The tag bound to Superdex, Sephadex, and Sephacryl, and proved to be superior to nickel-affinity chromatography. 2) A medium adhesion protein from Pseudomonas fluorescens, which contributes to biofilm formation on plant root surfaces, contains a von Willebrand Factor A domain in the C-terminal region that was characterized by X-ray crystallography. While human integrin contains a homologue of this domain to bind extracellular matrix proteins, including collagen, the binding partner for Pseudomonas fluorescens is still unknown. Lastly, 3) the flagellum-regulated hemagglutinin A, which binds to epithelial cells and erythrocytes in the pathogenic lifecycle of Vibrio cholerae, does so through a peptide-binding domain. This protein was produced with its neighboring domain and co-crystallized with nanomolar-affinity pentapeptide ligands. These peptides successfully inhibited attachment of V. cholerae to erythrocytes and could potentially be used for anti-adhesion therapy against cholera.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».