Sample Injector Fabrication and Delivery Method Development for Serial Crystallography using Synchrotrons and X-ray Free Electron Lasers
Notice bibliographique
Résumé
abstract: Sample delivery is an essential component in biological imaging using serial diffraction from X-ray Free Electron Lasers (XFEL) and synchrotrons. Recent developments have made possible the near-atomic resolution structure determination of several important proteins, including one G protein-coupled receptor (GPCR) drug target, whose structure could not easily have been determined otherwise (Appendix A). In this thesis I describe new sample delivery developments that are paramount to advancing this field beyond what has been accomplished to date. Soft Lithography was used to implement sample conservation in the Gas Dynamic Virtual Nozzle (GDVN). A PDMS/glass composite microfluidic injector was created and given the capability of millisecond fluidic switching of a GDVN liquid jet within the divergent section of a 2D Laval-like GDVN nozzle, providing a means of collecting sample between the pulses of current XFELs. An oil/water droplet immersion jet was prototyped that suspends small sample droplets within an oil jet such that the sample droplet frequency may match the XFEL pulse repetition rate. A similar device was designed to use gas bubbles for synchronized “on/off” jet behavior and for active micromixing. 3D printing based on 2-Photon Polymerization (2PP) was used to directly fabricate reproducible GDVN injectors at high resolution, introducing the possibility of systematic nozzle research and highly complex GDVN injectors. Viscous sample delivery using the “LCP injector” was improved with a method for dealing with poorly extruding sample mediums when using full beam transmission from the Linac Coherent Light Source (LCLS), and a new viscous crystal-carrying medium was characterized for use in both vacuum and atmospheric environments: high molecular weight Polyethylene Glycol.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».