Solution state characterization of the E. coli inner membrane protein glycerol facilitator
Notice bibliographique
Résumé
The Major Intrinsic Proteins are represented in all forms of life; plants, animals, bacteria and recently archaebacteria have all been shown to express at least one member of this superfamily of integral membrane proteins. We have overexpressed the E. coli aquaglyceroporin, glycerol facilitator (GlpF), to use as a model for studying membrane protein structure, folding and stability. Understanding membrane protein folding, stability, and dynamics is required for a molecular explanation of membrane protein function and for the development of interventions for the hundreds of membrane protein folding diseases. X-ray analysis of GlpF crystals shows that the protein exits as a tetramer in the crystallized state [1]. However, preparations of stable aqueous detergent solutions of GlpF in its native oligomeric state have been difficult to make; the protein readily unfolds and forms non-specific aggregates in many detergents. Here, I report the study of the structure and stability of the glycerol facilitator in several detergent solutions by blue native and sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis, circular dichroism, and fluorescence. For the first time, stable protein tetramers were prepared in two different detergent solutions (dodecyl maltoside (DDM) and lyso-myristoyl phosphatidylcholine (LMPC)) at neutral pH. Thermal unfolding experiments show that the protein is slightly more stable in LMPC than in DDM and that the thermal stability of the helical core at 95oC is slightly greater in the former detergent. In addition, tertiary structure unfolds before quaternary and secondary structures in LMPC whereas unfolding is more cooperative in DDM. The high stability of the protein is also evident from the unfolding half-life of 8 days in 8 M urea suggesting that hydrophobic interactions contribute to the stability. The GlpF tetramers are less resistant to acidic conditions; LMPC-solubilized GlpF shows loss of tertiary and quaternary structure by pH 6, while in DDM the tertiary structure is lost by pH 5, however the tetramer remains mostly intact at pH 4. The implications of thermal and chemical stress on the stability of the detergent-solubilized protein and its in vivo folding are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».