Travel through time and space: Temporal and geographical patterns of resistance gene copy number variation, and variation in flowering phenology in glyphosate resistant Amaranthus palmeri
Notice bibliographique
Résumé
Herbicide-resistant weeds offer key insights into rapid adaptation under anthropogenic stress. Amaranthus palmeri, a major agricultural weed native to the southwestern U.S. and Mexico, has developed glyphosate resistance primarily through 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSPS) gene copy number variation (CNV), with up to 160 copies in contemporary populations. A critical question is whether this CNV predates glyphosate’s commercialization in 1974, potentially indicating standing genetic variation's role in resistance evolution. I analyzed herbarium samples from three time periods (pre-1974: n = 383, 1974-1995: n = 286, post-1995: n = 246). No CNV was detected prior to 1974, with all individuals carrying a single EPSPS copy. After 1974 but before GM crops, occasional CNV was observed (max of 8 copies), but no significant relationship with year. Post-1995, CNV increased significantly, reaching up to 110 copies, suggesting resistance evolved primarily through de novo mutations under glyphosate selection. I also examined geographical patterns and the impact of EPSPS CNV on flowering phenology through a greenhouse experiment involving 19 populations from Georgia, North Carolina, and Illinois. Despite wide CNV variation, no significant relationship was found between CNV and flowering time, indicating resistance does not drive key phenological shifts. However, latitude significantly influenced flowering phenology and inflorescence length, though not plant growth. With the expansion of A. palmeri across North America and currently into Canada, it is imperative we understand historical and contemporary factors that contribute to evolution of herbicide resistance. The historical samples are useful resources to elucidate temporal variation of herbicide resistance, and the contemporary samples are used to understand the relationship between herbicide resistance and geography on flowering phenology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».