Avis de l’Anses relatif à la surveillance sanitaire à mettre en œuvre pour le SARS-CoV-2 au sein des élevages de visons et lien avec la santé des travailleurs auprès des visons
Notice bibliographique
Résumé
Suite aux premiers cas d’infection de visons par le SARS-CoV-2 aux Pays-Bas, fin avril 2020, une surveillance clinique renforcée des quatre élevages français de visons a été mise en place par les DDcsPP dès le mois de mai. Une instruction technique DGAL/SDSPA/2020-342 du 08 juin 2020 est ensuite venue préciser les mesures de prévention et de surveillance de l’infection par le virus SARS-CoV-2 dans les élevages de visons et de furets en France. Dans le même temps, les services du ministère de la santé et des solidarités ont été alertés et les Agences régionales de santé (ARS) se sont rapprochées des exploitants de ces sites pourproposer des précautions sanitaires vis-à-vis du travail auprès de ces élevages.La surveillance évènementielle renforcée (basée sur la surveillance des signes cliniques) mise en place dans les élevages courant mai n’avait pas montré de signe de contamination des animaux par le SARS-CoV-2.L’Anses a été saisie une première fois le 24 juin 2020 par la DGAL sur les modalités de surveillance des élevages de visons français. Un premier avis du 1er juillet 2020 a été complété le 21 septembre 2020 , suite à l’information par la DGAL de l’impossibilité pratique de réaliser certains prélèvements sur visons vigiles.Dans le cadre d’un programme scientifique conduit par le laboratoire de l’Anses « Rage et faune sauvage » basé à Nancy, des analyses sérologiques et virologiques ont été réalisées mi-novembre 2020, à l’occasion des abattages d’animaux pour la production de fourrure. Le plan de prélèvement a été réalisé sur la base des préconisations de l’avis de l’Anses 2020-SA-0080, en vue d’établir le statut sanitaire des visons des quatre élevages. Le 20 novembre2020, l’un de ces quatre élevages, situé dans le département de l’Eure-et-Loir, s’est alors révélé infecté. Les résultats étaient positifs en sérologie et en RT-qPCR (reverse-transcription quantitative real-time polymerase chain reaction) témoignant d’une circulation virale en cours au sein du cheptel. L’ensemble des animaux de l’exploitation a été abattu en novembre 2020. Suite à la mise en œuvre de cette surveillance sérologique et virologique, les trois autresélevages français ont été trouvés indemnes de SARS-CoV-2 en novembre et décembre 2020. Les mesures de biosécurité renforcées et la surveillance évènementielle sont cependant maintenues dans ces trois élevages . Par ailleurs, l’analyse de séquençage du virus découvert dans l’élevage infecté a permis d’exclure un lien direct avec les variants du SARSCoV-2 identifiés aux Pays-Bas avant l’été 2020 et fin 2020 au Danemark, dans des élevagesde visons. Cette analyse de séquençage est compatible avec une transmission locale à partir d’humains infectés par le SARS-CoV-2 en France. Trois des 12 séquences obtenues montrent la cooccurrence d’une mutation synonyme dans l’ORF1ab et d’une substitution N501T dans la protéine spike, ces changements faisant partie de mutations dites récurrentes chez le vison.Dans ce contexte, l’Anses a été saisie par la DGAL et la DGS sur les questions suivantes :Question 1 : Dans le contexte sanitaire actuel, avec une circulation active du virus dans la population humaine, et vu la découverte récente d’un élevage positif sans aucune expression clinique, quelle surveillance faut-il mettre en œuvre dans les élevages de visons pour les mois à venir ? Des compléments aux recommandations du précédent avis rendu sur la surveillance des visons sont nécessaires au regard des nouvelles connaissances acquises liées à la surveillance en cours (éléments épidémiologiques et modalités de prélèvements). En fonction du dispositif de surveillance recommandé, le plan d’échantillonnage (unité épidémiologique, taille de l’échantillon, type de prélèvement, …) et le rythme de la surveillance devront être précisés. Les contraintes relatives à la manipulation des animaux pendant les prélèvements devront être prises en compte.Question 2 : Dans le cas où un élevage serait positif en sérologie mais sans mise en évidence de circulation virale (virologie négative), quel serait le risque sanitaire pour les compartiments humain et animal lié au fait de ne pas abattre les animaux ? Ces animaux peuvent-ils constituer un réservoir significatif du virus ?Question 3 : Quelles sont les conditions sanitaires de santé animale à mettre en place à l’introduction de visons extérieurs à l’élevage considéré dans les deux situations suivantes :- dans le cadre du fonctionnement normal d’un élevage non infecté ;- outre un nettoyage/désinfection standard qui semble suffisant dans ce cadre7 (à commenter ou moduler par l’Anses en tant que de besoin), même question dans le cadre du repeuplement d’un élevage après un abattage lié à la détection du virus SARS-Cov-2?Question 4 : En raison des mesures de biosécurité renforcées mises en place dans les élevages de visons, la principale source d’exposition des animaux au SARS-Cov-2 est liée au portage et activité de l’homme (nourrissage, soins, entretien des litières…) : de ce fait, quelle articulation mettre en place entre surveillances humaine et animale? L’existence de variations génétiques et leur portée de santé publique pourraient-elles être de nature à moduler la surveillance ? Quelle conduite tenir en cas de positivité (RT-PCR et/ou sérologie) vis-à-vis du SARS-Cov-2 dans un des « compartiment » humain ou animal et quelles en seraient les conséquences sur la surveillance de l’autre compartiment ?
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,017 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».