Biosynthesis of polyketides produced by marine microbes
Notice bibliographique
Résumé
The most widely studied of all secondary metabolites, the polyketides (PKs), are low molecular weight compounds assembled via sequential condensations of small carboxylic acids. Biosynthetic and molecular genetic knowledge pertaining to PK production, mostly from studies of terrestrial microbes, have revealed the primary role of polyketide synthase (PKS) enzymes, which condense carboxylic acids to form highly functionalized metabolites. Studies on the biosynthesis of PKs produced by marine species revealed more complex pathways than those encountered in terrestrial species. In this study, we isolated PKS gene fragments from marine isolates of filamentous fungi via degenerate PCR. Phylogenetic comparison with corresponding sequences from terrestrial-derived fungi revealed a dichotomy, (consistent with a previous study involving terrestrial fungi only), between PKSs producing non-reduced (NR) PKs and those producing partially reduced (PR) PKs, but no clear division between sequences from marine and terrestrial fungi. PCR amplification of a PR-type gene fragment from a marine isolate of Apiospora montagnei is consistent with the production of an aromatic compound, papulacandin B (PapB) by this species. We have established that PapB is assembled via a PK pathway by way of experiments involving stable isotope precursor incorporation in conjunction with 13C NMR spectroscopy. We extended the investigation to the biosynthesis of PKs of marine dinoflagellates. Although attempts to isolate PKS genes from dinoflagellate DNA or a constructed cDNA library were unsuccessful, stable isotope incorporation studies of DTX-5, a putative PK produced by the dinoflagellate Prorocentrum maculosum, (1) established the PK mechanism of its biosynthesis, (2) revealed a rare carbon deletion step and (3) demonstrated the incorporation of an intact amino acid into the structure. Mechanisms are proposed for the biosyntheses of PapB and DTX-5.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».