A Clostridioides difficile surveillance study of Canadian retail meat samples from 2016-2018: a possible source of human clinical infections?
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: C. difficile spores are dispersed throughout the environment and can asymptomatically colonize and/or infect animals. Previous studies have shown that C. difficile spores can be isolated from commercially available beef, veal, pork, vegetables, and seafood. However, a definitive link has yet to have been made between food contamination and hospitalized cases. This study aims to isolate C. difficile from retail meat samples and compare them to human isolates. Methods: Frozen retail pork, beef, and veal samples were obtained from the Canadian Integrated Program for Antimicrobial Resistance Surveillance (CIPARS) program and FoodNet Canada. These samples were analyzed for C. difficile contamination by direct plating on selective media and by inoculation in enrichment broth. Suspected C. difficile colonies were confirmed by polymerase chain reaction (PCR). Toxigenic C. difficile isolates were molecularly characterized by ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Antibiotic susceptibility was determined by ETEST® strips. Whole genome sequencing (WGS) was performed on all C. difficile isolates from retail meats and from select human cases. Results: Overall, toxigenic C. difficile was isolated from 10 of 644 retail meat samples (1.6%). All 10 isolates were A/B toxin positive. Additionally, 2 isolates were found to harbor binary toxin. All retail meat isolates were susceptible to vancomycin, metronidazole, tigecycline, rifampin, and clindamycin, excluding 1 NAP1 isolate that was resistant to moxifloxacin. Molecular typing revealed strain types commonly found in human clinical isolates (e.g. NAP1 (RT027), NAP4 (RTNS195), and NAP11 (RT106)). The closest related human clinical isolate to the C. difficile isolates from retail meats differed by 8-34 SNVs when analyzed at the highest resolution (84.54%-95.02% core genome). Conclusion: A low percentage of retail meats (1.6%) were contaminated by C. difficile. All ribotypes and NAP types of C. difficile isolates from retail meats have been previously identified in human cases. Through WGS, half of the C. difficile isolates from retail meats were determined to be closely related to a C. difficile isolate from a human case (≤10 SNVs), while the other half were genetically distinct (>10 SNVs), suggesting that retail meats may be a vector of dissemination for C. difficile in the community.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».