Characterizing the regulation of the inducible HSP70 mRNA in yeasts and mammalian cells subjected to heat shock
Notice bibliographique
Résumé
Cellular perturbations cause the proteins to misfold precluding their functions.In response to proteotoxic stress, cells downregulate gene expression by reducing cap-dependent translation.Concurrently, they upregulate the expression of a subset of molecular chaperones known as Heat Shock Proteins (HSPs) in charge of protein folding.The fast induction and rapid attenuation of the inducible HSP70 expression define the Heat Shock Response (HSR), which is critical for cell survival from stress.However, the ubiquitous expression of the inducible HSP70 is toxic and promotes tumorigenesis in mammalian cells.Thus, the fast degradation of the HSP70 mRNA allows for tailoring the HSP70 synthesis to the misfolded protein load in the cell is vital.Since the HSR is an evolutionarily conserved survival response, the induction and attenuation of the HSR have been studied in different model organisms.While the transcription of HSP70 mRNA is well studied, our initial studies revealed an important difference between yeast and mammalian cells on HSP70 mRNA translation.In yeast, the HSP70 synthesis peaks during heat shock, while in mammalian cells, it peaks during recovery.Based on this, we hypothesize that distinct regulatory elements in the sequence of the inducible HSP70 mRNA in yeast and mammalian cells regulate its translation upon heat shock and recovery.We discovered that in Saccharomyces cerevisiae, the coding sequence of the inducible HSP70, SSA4, is biased towards rare codons.These codons promote ribosome stalling and collisions on the mRNA that result in the control of Ssa4p expression by the ribosome quality control (RQC) mechanism.In RQC, the ribosomal protein Asc1p stabilizes the collided ribosomes triggering a series of downstream events to reduce translation and dissociate ribosomes.Our work elucidates the SSA4 coding sequence as a novel regulatory element and describes RQC as an
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».