Characterization of initiation of DNA replication in HCT116 Ku80+- Cells
Notice bibliographique
Résumé
DNA replication initiates at origins with the origin recognition complex (ORC) binding and activating initiation. Although ORC specifically binds origins in vivo, it possesses no sequence specific DNA binding activity in vitro. Thus, it is thought to interact with another protein that recruits it to the origin. The heterodimeric Ku (Ku70/Ku80) protein is one candidate. Ku is an abundant nuclear protein that has recently been implicated in the initiation of DNA replication, but the mechanism by which it performs this function is yet unknown. Here, using haploinsufficient human HCT116 Ku80 +/- cells that express 25-40% Ku80 protein, the origin activity and origin-association of other replication proteins were examined in a Ku80-deficient environment. Ku80 was not found to influence the expression of replication proteins, except for Ku70, its partner, which displayed a reduction of its protein expression to 64% of wildtype cells. Ku80+/- cells displayed a prolongation of G1 phase by 2 hours, but normal progression through S-phase. Furthermore, the activity of the early-activated replication origins of the lamin B2, beta-globin and c-myc loci decreased by 4.5-, 3.4-, and 4.3-fold, respectively. This was associated with a 2.1-, 1.5- and 1.7-fold decrease in the association of Ku80 with these origins, respectively, and a 1.5-, 2.3- and 2.5-fold decrease in that of Ku70, respectively. Moreover, the origin-association of three of the six subunits of the ORC complex, Orc-3, -4, and -6 was significantly decreased in Ku80 +/- cells, indicating decreased ORC complex formation at the origins. In contrast, the association of Orc-2 was not influenced by Ku80 deficiency, nor was the association of Ku80 with origins affected by Orc2 deficiency. Overall, these results suggest that Ku binds origins to allow assembly of the ORC complex, which is necessary for origin licensing and activation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».