Exploring the Roles of Nuclear Deubiquitinating Enzymes BAP1 and MYSM1 in Hematopoiesis and Immune Cell Functions
Notice bibliographique
Résumé
Ab -antibody ADCC -antibody-dependent cellular cytotoxicity AGM -aorta-gonad-mesonephros AID -activation-induced cytidine deaminase APC -antigen presenting cell(s) BAP1 -BRCA1-associated protein 1 BARD1 -BRCA1-associated RING domain protein 1 BCR -B-cell receptor BER -base excision repair BM -bone marrow BRCA1 -breast cancer type 1 susceptibility protein cDC -conventional dendritic cell CDP -conventional dendritic cell progenitors CLP -common lymphoid progenitor CMP -common myeloid progenitor CSR -class-switch recombination DC -dendritic cell DH -diversity gene segment of the immunoglobulin heavy chain DNMT -DNA methyltransferase DSB -double-strand break DZ -dark zone E2A -E2A transcription factor EBF1 -early B-cell factor 1 ECM -extracellular matrix ETS -E26 transformation-specific FDC -follicular dendritic cell FO B -follicular B cell FOXK1/2 -forkhead box kinase 1 and 2 GC -germinal center GMP -granulocyte/macrophage progenitor H2AK119ub -mono-ubiquitination at lysine 119 of histone H2A H3K4me3 -tri-methylation at lysine 4 of histone H3 H3K27me3 -tri-methylation at lysine 27 of histone H3 H3S10p -phosphorylation at serine 10 of histone H3 H3K14ac -acetylation at lysine 14 of histone H3 HAT -histone acetyl transferases HDR -homology-directed repair HSC -hematopoietic stem cell HSPC -hematopoietic stem and progenitor cell ICOS -inducible T-cell co-stimulator Ig -immunoglobulin IgC -immunoglobulin constant domain IgV -immunoglobulin variable domain IFN -interferon IL -interleukin ILC -innate lymphoid cell INO80 -INO80 chromatin remodeling complex IP3R3 -inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 3 IRF -interferon regulatory factor JL/JH -joining gene segment of the immunoglobulin light/heavy chain KDM1B -lysine-specific histone demethylase KLF5 -Kruppel-like factor 5 LT-HSC -long-term hematopoietic stem cell LMPP -lymphoid-primed multipotent progenitor LZ -light zone MEP -megakaryocyte erythroid progenitor MHC -major histocompatibility complex MMR -mismatch repair MPP -multipotent progenitor cell MSH2/6 -MSH2/6 mismatch repair complex MYSM1 -Myb-like SWIRM and MPN domains 1 MZ B -marginal zone B cells NHEJ -nonhomologous end joining NK cell -natural killer cell OGT -O-linked β-N-acetylglucosamine (O-GlcNAc) transferase PAMP -pathogen-associated molecular pattern PAX5 -paired box protein 5 PC -plasma cell PCGF -Polycomb group ring finger subunit PD1 -programmed cell death protein 1 pDC -plasmacytoid dendritic cell PGC1α -peroxisome proliferator-activated receptor-γ coactivator 1-α Pol -polymerase PRC -polycomb repressive complex RAD51 -RAD51 recombinase Rag -recombination activation gene RUNX1 -runt-related transcription factor 1 Abstract Hematopoiesis, the process by which the full repertoire of blood cells is established from the hematopoietic stem cells (HSCs), depends on a well-coordinated regulatory network of gene expression.BAP1 and MYSM1 are both deubiquitinases (DUBs) that can regulate gene expression and other cellular processes, through their direct catalytic activity on the repressive epigenetic mark histone H2AK119ub, as well as on several other substrates.In previous research, mutations of Bap1 and Mysm1 have been associated with defects in hematopoiesis in both mouse and human, yet our knowledge of the mechanistic role of these two DUBs in the development and the function of blood and immune cells remains limited.In the current study, we aim to explore the potential regulatory role of BAP1 and MYSM1 in hematopoietic cell development and immune response.We characterize a cell intrinsic role of BAP1 in B lymphocyte development and in antibody mediated immune response.We demonstrates its central role in the regulation of the genome-wide landscapes of histone H2AK119ub and downstream transcriptional programs of cell cycle progression, DNA damage response, and many other biological processes involved in B cell development, B cell activation, and humoral immunity.We also report a profound similarity in the developmental, hematopoietic, and immune phenotypes resulting from the loss of MYSM1 catalytic function and the full loss of MYSM1 protein, confirming that MYSM1 acts via its DUB catalytic activity specifically in early hematopoietic progenitors to allow normal development of hematopoietic cells, including lymphocytes and dendritic cells (DCs).Overall, our work expands the knowledge of the critical roles of BAP1 and MYSM1 in vivo in hematopoiesis, leukocyte development, immune responses, and other aspects of mammalian physiology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».