Enzymatic, structural and hydrodynamic characterization of human oligoadenylate synthetase 2
Notice bibliographique
Résumé
The 2’-5’ oligoadenylate synthetases (OAS) are important components of the innate immune system that recognize viral double stranded RNA (dsRNA). Upon dsRNA binding, OAS generates 2'-5'-linked oligoadenylates (2-5A), that activate ribonuclease L (RNase L) halting viral replication. The OAS/RNase L pathway is thus an important antiviral pathway and viruses have devised strategies to circumvent OAS activation. OAS enzymes are divided into four classes according to size: small (OAS1), medium (OAS2) and large (OAS3) that consist of one, two and three OAS domains respectively, and the OAS-like protein (OASL) that consists of one OAS domain and tandem domains similar to ubiquitin. Early investigations of the OAS enzymes hinted at the recognition of dsRNA by OAS, but due to size differences amongst OAS family members combined with the lack of structural information on full-length OAS2 and OAS3, the regulation of OAS catalytic activity by dsRNA is still not well understood. In particular, little is known about the structure, domain organization and hydrodynamic properties of OAS2. This is mostly due to the lack of well-established OAS2 expression systems and poor protein yield obtained from standard OAS2 expression from insect cells. Here I report expression and purification of OAS2 in human embryonic kidney cells. Following OAS2 purification, I investigated its dsRNA substrate specificity relative to OAS1. Activation assays with dsRNA suggested that OAS2 recognizes dsRNA greater than 35 base pairs. Further, I present the first low resolution structure of OAS2 obtained by small angle X-ray scattering that shows OAS2 exists as a high-affinity dimer. Using an integrated approach involving analytical ultra-centrifugation, dynamic light scattering and multi-angle light scattering I determined the hydrodynamic parameters and absolute molar mass of OAS2. This is followed by the computational model generation of dsRNA-OAS2 complex using dsRNA-OAS1 as restraints. Together, these results help us to better understand OAS2 domain organization, the features of dsRNA binding and the mechanism of 2-5A chain formation in OAS enzymes, further enhancing our understanding of how OAS discriminate self RNA from viral RNA. Together this work contributes to our understanding of the diverse roles OAS enzymes play in the innate immune system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».