Exploring the effecacy, utility, and limitations of DNA barcoding within the class aves
Notice bibliographique
Résumé
This thesis investigates the efficacy of a recently proposed molecular bioidentifcation system known as "DNA barcoding". This system employs a short, standardized gene region (648bp of the mitochondrial gene cytochrome ' c' oxidase I, in the case of animals) as a unique species identifier. To test species-level resolution, I constructed a library of DNA barcode sequences for birds from three regions: the Nearctic (North America), the southern Neotropics (Argentina), and the eastern Palearctic (Russia, Mongolia, and Kazakhstan). The accuracy of barcode-based species identification was assessed using the currently accepted avian taxonomy, which is the most robust of any taxonomic group. I also tested the use of DNA barcodes for species discovery via detection of large intraspecific divergences. Common intraspecific and interspecific trends in phylogeography were compared within and between biogeographical realms. Using the avian barcode library, I also compared the performance of several different methods for species delimitation, including distance-based thresholds, tree-based methods, and character-based methods (wherein each nucleotide of the sequence is treated as a unique character). Finally, I used the abundance of sequence data to test for signs of selection in cytochrome ' c' oxidase I. Whole mitochondrial genomes available from GenBank were used to review the consistency of selective pressure throughout the genome. This largely confirmed the role of purifying selection in the evolution of the mitochondrial genome in birds. Overall, this study substantiates the utility of DNA barcoding as a reliable tool for the purposes of species identification and for highlighting taxa in need of further taxonomic review.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».