Identification of Black Knot Resistance in Plums Using a Multipronged Approach
Notice bibliographique
Résumé
The hemibiotrophic fungus Apiosporina morbosa causes a deadly disease known as Black Knot (BK) in commercially cultivated Prunus domestica (European) and Prunus salicina (Japanese) plums. To explore the resistance mechanisms and disease development, plum genotypes were phenotyped for BK resistance/susceptibility by developing a BK resistance scale. Whole-genome sequencing followed by common variant analysis performed on resistant and susceptible Japanese plum genotypes revealed 52 BK resistance (R and PRR), and 31 pathogenicity-related (PR) genes with linked functional variants. Intriguingly, chromosomes 1, 4, and 6 had the highest number of R, PRR, and PR genes, and the variants associated with these genes. Among the identified putative candidate genes, XM_016791920.1 (f-box/leucine-rich repeat kinase), XM_021957420.1 (disease resistance), XM_020557425.1 (cyclic nucleotide gated ion channel), XM_020561539.1 (bactericidal protein), XM_008228053.2 (ankyrin-1-like protein), XM_008241686.2 (proline rich extension like protein), and XM_021961744.1 (leucine-rich repeat kinase) had the highest rate of variations, indicating their strong involvement in conferring BK disease resistance. Besides, the phytohormonal analysis suggested auxin-cytokinins interplay driven by A. morbosa appeared to be vital in disease progression. The fungus hampers the plant defense system via perturbance in salicylic acid (SA), jasmonic acid(JA), and gibberellic acid. In addition, our results suggest that the relationship between SA and JA in plant defense is not always antagonistic. Taken together, these findings suggest that the auxin and tryptophan profile could potentially be utilized as a biomarker for BK resistance in plums. In addition, the results of our study provide a basis for further exploration of BK resistance in Japanese and European plums.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».