Identification of critical residues in the carboxyl-terminal extension of the mitochondrial DNA polymerase in Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
Mip1p is the highly processive monomeric mitochondrial DNA polymerase in Saccharomyces cerevisiae. Despite differences in enzyme structure, substrate topology, and possible nucleoid interactions, Mip1p continues to be used as a model for human mitochondrial DNA polymerase (POLG) variants associated with various human mitochondrial diseases. Structurally, Mip1p functions as a monomer, whereas, the POLG holoenzyme contains a catalytic subunit (POLGA) complexed with a dimeric form of an accessory subunit (POLGB) which functions by loading the enzyme onto mitochondrial DNA and enhancing processivity. However, Mip1p does contain a 279-residue carboxyl-terminal extension (CTE) absent in the structure of POLG. The function of the CTE has not yet been determined although studies of truncation variants identify 74 N-terminal residues are essential for Mip1p wild-type activity. Furthermore, regions encompassing Mip1p residues N1033 – E1038 and Y1039 – A1049 are suggested to function in mitochondrial DNA maintenance and fidelity, respectively. This study has developed a mutagenic strategy to systematically replace the residues in the mitochondrial DNA maintenance region with glycine in order to identify residues critical for Mip1p function. Using in vivo respiratory competence and erythromycin resistance assays accompanied by an in vitro non-radioactive DNA polymerase assay, this study has identified two key residues, E1036 and D1037 that may function in the exonuclease-polymerase coupling mechanism of Mip1p.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».