The human Ã-globin LCR HS2 and HS3 : a tale of two position effects and mechanisms of transcriptional enhancement
Notice bibliographique
Résumé
The human beta-globin LCR is a tissue-specific enhancer composed of 4 major erythroid-specific DNaseI hypersensitive sites (HS 1 to 4). The beta-globin LCR has previously been reported to confer high-level, position independent expression onto globin transgenes. Each HS has been shown to have some enhancer activity individually; however, there is evidence that they may work by different mechanisms. In this study, we have explored this possibility by assessing what type of position effects arise in individual clones having integrated either muLCR, HS2 or HS3 linked to the human beta-globin gene at different integration sites. We used Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) in conjunction with immunochemistry to measure human beta-globin expression in single murine erythroid leukemia cells (MEL). MEL cells (c88 strain) were induced to produce human beta-globin by treatment using 2% DMSO or by 10 nM TSA treatment so as to gain further insight on the molecular mechanism of these enhancers. Our results suggest that (1) HS3 is generally a stronger enhancer than HS2. (2) HS2 is exclusively affected by a graded position effect whereas HS3 (and the [LCR to a lesser extent) is prone to position effect variegation (PEV). (3) PEV was alleviated in HS3 and muLCR clones when we used 10nM TSA as the induction method but did not change HS2 position effects. (4) The expression per expressing cell seemed copy number dependent for HS3 whereas it was not for HS2 This data taken together with evidence from the literature suggests that HS2 and HS3 function by different mechanisms whereby HS2 would play a role in acetylating histones/protection from DNA methylation and open chromatin whereas HS3 would increase the total amount of transcripts in each expressing cell.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».