The human Ã-globin LCR HS2 and HS3 : a tale of two position effects and mechanisms of transcriptional enhancement
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The human beta-globin LCR is a tissue-specific enhancer composed of 4 major erythroid-specific DNaseI hypersensitive sites (HS 1 to 4). The beta-globin LCR has previously been reported to confer high-level, position independent expression onto globin transgenes. Each HS has been shown to have some enhancer activity individually; however, there is evidence that they may work by different mechanisms. In this study, we have explored this possibility by assessing what type of position effects arise in individual clones having integrated either muLCR, HS2 or HS3 linked to the human beta-globin gene at different integration sites. We used Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) in conjunction with immunochemistry to measure human beta-globin expression in single murine erythroid leukemia cells (MEL). MEL cells (c88 strain) were induced to produce human beta-globin by treatment using 2% DMSO or by 10 nM TSA treatment so as to gain further insight on the molecular mechanism of these enhancers. Our results suggest that (1) HS3 is generally a stronger enhancer than HS2. (2) HS2 is exclusively affected by a graded position effect whereas HS3 (and the [LCR to a lesser extent) is prone to position effect variegation (PEV). (3) PEV was alleviated in HS3 and muLCR clones when we used 10nM TSA as the induction method but did not change HS2 position effects. (4) The expression per expressing cell seemed copy number dependent for HS3 whereas it was not for HS2 This data taken together with evidence from the literature suggests that HS2 and HS3 function by different mechanisms whereby HS2 would play a role in acetylating histones/protection from DNA methylation and open chromatin whereas HS3 would increase the total amount of transcripts in each expressing cell.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle