Molecular characterization of potato defense suppression by Phytophthora infestans
Notice bibliographique
Résumé
Manitoba is the second largest potato producer in Canada after Prince Edward Island. This crop faces many disease problems including the most famous and devastating one, late blight, caused by the oomycete pathogen Phytophthora infestans. More than 150 years have elapsed since this disease caused the Irish potato famine, but strategies for managing it often remain unsustainable and costly. With the advent of molecular biology, genetic engineering, and now, genomics-based approaches, it may be possible to initiate studies which will address important questions regarding very complex host-pathogen interactions. Dr. Daayf’s lab has shown that the most aggressive strains of P. infestans suppress potato defense mechanisms, through transcriptional inhibition of PAL and HMGR pathways. Therefore, the objective of the current study was to carry out a molecular characterization of potato defense suppression by Phytophthora infestans. Gene expression profiling was accomplished by developing a new subtractive hybridization (SH)/cDNA-AFLP combinational approach. This approach is a gel-based subtractive hybridization profiling technique that uses the advantages of cDNA-AFLP and subtractive hybridization in order to amplify cDNA products in a polyacrylamide gel and remove the constitutively/commonly expressed sequences. Using this approach differentially expressed genes involved in the potato-Phytophthora infestans interaction were identified. These included genes potentially controlling pathogenesis or avr genes in P. infestans as well as those potentially involved in potato resistance or susceptibility to this pathogen. Using the subtractive hybridization (SH)/cDNA-AFLP combinational approach, DOXP-MEP pathway genes were identified for first time in potato and its regulation in response to the oomycete P. infestans. The DOXP-MEP pathway, also called the non-mevalonate route is an alternative terpenoids' biosynthetic route that was discovered first in eubacteria and soon after in photosynthetic organisms such as higher plants, algae as well as in cyanobacteria. In addition, potato plants treated with glucans extracted from P. infestans, the elicitor eicosapentanoic acid (EPA) and P. infestans isolates were analyzed to study the accumulation of phenolic compounds and expression level of genes from the phenylpropanoid, mevalonate and DOXP-MEP pathway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».