Molecular Phylogeography and Species Discrimination of Freshwater <em>Cladophora</em>\n(Cladophorales, Chlorophyta) in North America
Notice bibliographique
Résumé
Cladophora is a widespread freshwater filamentous cholorophyte genus and is frequently observed in eutrophic waters where it can produce large nuisance blooms. These blooms can have direct impacts on water intake for power generation, irrigation canals and can be aesthetically unpleasant. Much of the ecological and physiological studies on Cladophora have assumed that the populations of this genus in North America belong to the species Cladophora glomerata. However, this has never been tested despite that it is well documented that identifying freshwater Cladophora to the species level is difficult due morphological variability under different ecological conditions. In addition, the species epithets for freshwater Cladophora are based on European collections and it is not clear if these should be applied to North America. This study examines approximately 40 collections of Cladophora from the Laurentian Great Lakes and 43 from various locations in North America ranging from the Northwest Territories to Puerto Rico. Initially we determined the nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) region of the nuclear ribosomal cistron and observed sequence divergence to be low (0-3%), demonstrating an inability for this marker to resolve species delineation as divergence of this region was low. Amplification of the inter-simple sequence repeat (ISSR) regions were used to analyze microsatellite motif frequency throughout the genome to evaluate the biogeography relationships, including diversity, of freshwater Cladophora sp. five different primers were used on 70 individuals. UPGMA analyses of the presence/absence of bands demonstrate that each of the Great Lake populations separate into groups according to the Lake they were initially sampled from. However, collections from North America are highly variable and do not form well supported biogeographic clades. In addition, these collections appear to be distinct from type cultures of freshwater Cladophora from Europe. Supplementary morphological analysis using suggested taxonomically valid criterion (length and diameter of main axis, ultimate branch, and apical cell) none were able to differentiate Great Lake populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».