The quantitation of Bradyrhizobium japonicum communities and the isolation of bacteriocin-producing Bradyrhizobium strains from Manitoban soil
Notice bibliographique
Résumé
Bradyrhizobium japonicum is a Gram negative α-proteobacteria capable of reducing atmospheric nitrogen to ammonia while in a symbiotic relationship with soybean. This symbiosis manifests itself as nodules formed on the roots of soybean plants. A well-nodulated plant can derive all the nitrogen necessary for growth from this association. One problem that is often encountered is not having sufficient numbers of the correct strains of rhizobia present as the seed is germinating which prevent effective nodules to develop in a timely manner. Currently, the quantification of Bradyrhizobium in soil relies heavily on culture-based assays which are time-consuming, labour-intensive, and lacks the ability to differentiate between strains of B. japonicum. In this study, we developed a rapid and sensitive real-time qPCR based assay for the quantification of B. japonicum. This assay is able to differentiate between strains of B. japonicum. Using this assay, we showed the differences in the composition of B. japonicum community in fields utilizing narrow (15 inches) and wide (30 inches) row spacing. We showed that the composition of B. japonicum community in soil is affected by the population density of host plants. We also isolated B. japonicum strain FN1 in Manitoba. FN1 produces substances with bacteriocin-like characteristics that inhibit the growth of multiple other strains of Bradyrhizobium. In this study, we were able to identify a gene that is responsible for the production of the bacteriocin-like substance that inhibits the growth of the strain SR-16. Furthermore, we showed that the ability of FN1 to produce bacteriocin-like substance provide a competitive advantage for nodule occupancy over SR-16. This is the first study in B. japonicum that shows that the ability to produce bacteriocin-like substance is related to the competitiveness for nodule occupancy.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».