Strain characterization, antimicrobial susceptibility and cold-induced genes of Flavobacterium psychrophilum
Notice bibliographique
Résumé
Seventy-five isolates of 'Flavobacterium psychrophilum' collected from salmonids with clinical signs of bacterial cold water disease (BCWD) were characterized morphologically, biochemically, serologically, and genotypically. Although the isolates were morphologically and serologically homogeneous, API-ZYM testing revealed two distinct biovars. Four restriction pattern types were detected by 16S rRNA PCR-RFLP analysis. There were significant correlations between biovar I and digestion with 'Mae'III (' p'<0.001) and between biovar II and digestion with 'Mnl 'I ('p'<0.05). Detection of nine genotypes within a 194 bp region of 16S sequence type revealed further heterogeneity of which type "a" was the predominant genotype. More than one biovar and genotype was identified among the strains recovered from a single BCWD outbreak, however, no association between genotype or biotype and clinical disease presentation was found. Management of outbreaks of BCWD often requires the use of antibiotics. The minimal inhibitory concentrations (MICs) of 10 antimicrobial agents were determined by adapting a broth microdilution method established by the Clinical and Laboratory Standards Institute for aquatic bacteria with optimal growth temperature below 35°C. For most 'F. psychrophilum' isolates there was a very high MIC for two of the four antibiotics licensed for use in Ontario (i.e., ormetoprim/sulfadimethoxine and trimethoprim/sulfamethoxazole). High MICs of florfenicol and oxytetracycline were obtained for 53% and 61% of isolates, respectively. For the majority of strains, the MICs for ampicillin, oxolinic acid and gentamicin were high, while for 83% of the strains tested the MICs for erythromycin were medium and low. cDNA suppression subtractive hybridization (SSH) was used to identify cold-induced genes in a ulcerative dermatitis and necrotizing stomatitis isolate ' F. psychrophilum' B382-90-4. Genes predicted to encode a two-component system sensor histidine kinase LytS, an ATP-dependent RNA helicase, a multidrug ABC transporter permease/ATPase, an outer membrane protein/protective antigen OMA87, an M43 cytophagalysin zinc-dependent metalloprotease, a hypothetical protein and four housekeeping genes, were up-regulated at 8°C versus 20°C. Since no reference gene of 'F. psychrophilum' was available as an internal standard for use in quantitative real-time PCR (qPCR), the expression stability of 9 commonly used reference genes was evaluated at 8°C and 20°C. Expression of the 16S rRNA gene was equivalent at both temperatures and this gene was used in qPCR experiments to verify the SSH findings.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
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Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».