Antimicrobial Resistance and Genomic Characterization of Salmonella Serovars Typhimurium and 4,[5],12:i:- in Huzhou, China
Notice bibliographique
Résumé
Wei Yan, Lei Ji, Yunfeng Zha, Fenfen Dong, Deshun Xu Huzhou Center for Disease Control and Prevention, Huzhou, 313000, People’s Republic of ChinaCorrespondence: Deshun Xu, Huzhou Center for Disease Control and Prevention, 999 Changxing Road, Huzhou, Zhejiang, 313000, People’s Republic of China, Email xds666092@126.comObjective: Salmonella serovar Typhimurium (S. Typhimurium) and its monophasic variant, Salmonella 4,[5],12:i:-, have become two of the most frequently isolated serovars worldwide, in both humans and animals. This study investigated the antimicrobial resistance and genomic characteristics of these two serovar Salmonella.Methods: Between 2021 and 2023, a total of 90 S. Typhimurium and Salmonella 4,[5],12:i:-were collected from clinical and food samples in Huzhou. Their antimicrobial resistance phenotype and genes, virulence genes, and phylogenetic relationship were analyzed.Results: Salmonella 4,[5],12:i:-, which all belong to ST34, has become the main serotype of Salmonella isolated in Huzhou instead of S. Typhimurium. Notably, we observed a higher incidence of infections among the young population (< 5 years old). The 90 Salmonella isolates were mainly resistant to tetracycline (94.4%), ampicillin (72.2%), and trimethoprim/sulfamethoxazole (70.0%), with multidrug resistance (MDR) rates as high as 93.3%. Genome sequencing indicated that these isolates possessed 39 antimicrobial resistance genes and 184 virulence genes.Conclusion: This research enhances our understanding of S. Typhimurium and Salmonella 4,[5],12:i:- infections, which is helpful to guide clinical responses.Keywords: Salmonella typhimurium, monophasic variant, antimicrobial resistance, multidrug resistance, whole genome sequencing
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».