Biochemistry and physiology of NhaP-type antiporters in Vibrio cholerae
Notice bibliographique
Résumé
Antiporters that exchange alkali cations (Na+ or K+) for protons play an important role in the physiology of all known bacterial species. They are involved in regulating intracellular pH and maintaining cellular volume as well as the formation of a chemical Na+ gradient across the membrane, which is important to many bacteria as an energy source for processes such as accumulation of substrates, ATP synthesis, and flagellar rotation. Another important role of cation/proton antiporters is homeostasis of intracellular cation content. The situation of a thermodynamic equilibrium of Na+ or K+ on the membrane would result in toxic intracellular levels of these cations, so bacteria have cation/proton antiporters, which expel excess of alkali cations at the expense of the proton motive force. Of many antiporters described to date, the NhaP-type family is one of the most interesting groups. Its members collectively demonstrate a great diversity of their features. There are three antiporters of NhaP type encoded in the genome of the dangerous human pathogen, Vibrio cholerae. Phenotype analysis of engineered chromosomal VcnhaP1, VcnhaP2 and VcnhaP3 deletion mutants has proven the three NhaP paralogues to be essential for V. cholerae growth at low pH in the presence of high or low concentrations of K+. Genes encoding Vc-NhaP1-3 were cloned and antiporters expressed in their functional form in an antiporter-less strains of Escherichia coli. Although initially annotated as Na+/H+ antiporters, when assayed in everted membrane vesicles, all three isoforms of Vc-NhaP were shown to be K+/H+ antiporters with only limited ability to Na+/H+ antiport. None of three proteins was able to mediate Li+/H+ exchange. Overall, the three antiporters differed in their biochemical profiles, predicted topology, and their phenotypic manifestations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».