Classical Human Leukocyte Antigen Alleles and C4 Haplotypes Are Not Significantly Associated With Depression
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The prevalence of depression is higher in individuals with autoimmune diseases, but the mechanisms underlying the observed comorbidities are unknown. Shared genetic etiology is a plausible explanation for the\noverlap, and in this study we tested whether genetic variation in the major histocompatibility complex (MHC), which is\nassociated with risk for autoimmune diseases, is also associated with risk for depression.\nMETHODS: We fine-mapped the classical MHC (chr6: 29.6–33.1 Mb), imputing 216 human leukocyte antigen (HLA)\nalleles and 4 complement component 4 (C4) haplotypes in studies from the Psychiatric Genomics Consortium Major\nDepressive Disorder Working Group and the UK Biobank. The total sample size was 45,149 depression cases and\n86,698 controls. We tested for association between depression status and imputed MHC variants, applying both a\nregion-wide significance threshold (3.9 3 1026\n) and a candidate threshold (1.6 3 1024\n).\nRESULTS: No HLA alleles or C4 haplotypes were associated with depression at the region-wide threshold. HLAB*08:01 was associated with modest protection for depression at the candidate threshold for testing in HLA\ngenes in the meta-analysis (odds ratio = 0.98, 95% confidence interval = 0.97–0.99).\nCONCLUSIONS: We found no evidence that an increased risk for depression was conferred by HLA alleles, which\nplay a major role in the genetic susceptibility to autoimmune diseases, or C4 haplotypes, which are strongly associated with schizophrenia. These results suggest that any HLA or C4 variants associated with depression either are\nrare or have very modest effect sizes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».