DNA barcoding of the Mediterranean chondrichthyans (ELASMOMED)
Notice bibliographique
Résumé
Within ELASMOMED, a regional initiative of the Fish-BOL campaign aiming at the DNA barcoding of Medi-terranean chondrichthyans (sharks, skates, rays and chimeras), we have sampled and barcoded ca. 1000 cartilaginous fishes collected from several locations in the Western and Eastern Mediterranean and adja-cent Eastern Atlantic. Individuals were obtained from international and national scientific trawl surveys (e.g. MEDITS) or at the fish markets (e.g. Poissonerie de Algiers) and provisionally assigned to species based on the available morphological identification keys and guidelines. Finclip or muscle tissue specimens were collected following Fish-BOL protocol and processed for DNA barcoding at the Canadian Centre for DNA Barcoding (CCDB) of Guelph or at the own molecular labs at the Universities of Bologna, Cagliari and Palermo. Barcodes were deposited in the BOLD under the ELASMOMED Project (http://www.boldsystems.org/views/projectlist.php?&). We obtained 835 COI-5P sequences of high quali-ty (< 1% of Ns) belonging to 58 cartilaginous fish species (Mediterranean: 16 shark species out of the 42 reported in the basin; 19/36 skates and rays; 1/1 chimera; Eastern Atlantic: 27 skates and rays). According to the DNA barcode variation, we get evidence for 1) the high taxonomic resolution and reliability of the barcode identification, 2) the occurrence of species misidentification or missing identification of few sharks and numerous skate individuals based on the external rough morphology during routine data col-lection of the fishery survey programmes; 3) the geographical cryptic speciation in Atlantic and Mediterra-nean skates, and 4) the geographical structuring in skates among Atlantic, Western and Eastern Mediterranean population samples. These outcomes highlighted and reinforced general issues which are relevant for understanding the evolution and the population biology of chondrichthyans in the Mediterra-nean as well as for planning the conservation and management of endangered or declining species (Dulvy & Reynolds 2009; Griffiths et al. 2010; Iglésias et al. 2009).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».