Genome-scale approaches to strengthen Neisseria gonorrhoeae epidemiological and antimicrobial resistance surveillance
Notice bibliographique
Résumé
Neisseria gonorrhoeae is the human pathogen responsible for the sexually transmitted disease gonorrhoea, whose burden remains a major public health concern. This bacterium has shown an extraordinary ability to develop antimicrobial resistance (AMR) to multiple classes of antimicrobials, with the advent of reaching a “superbug” status. With no available vaccine, managing gonorrhoea infections demands effective preventive measures, antibiotic treatments and epidemiological surveillance. National and international surveillance programmes are increasingly promoting the application of whole-genome sequencing (WGS) data to track N. gonorrhoeae circulation and the emergence and spread of AMR. The major goal of the PhD dissertation was to strengthen N. gonorrhoeae epidemiological and AMR surveillance using WGS. Particularly, we disclose the major AMR trends observed in Portugal throughout 16 years, by reporting data from the National Laboratory Network for Neisseria gonorrhoeae Collection (PTGonoNet), hosted at the Portuguese National Institute of Health (NIH). Using WGS data from across Europe, we report a comprehensive WGS-based genogroup assignment for N. gonorrhoeae. These genogroups represent main circulating lineages and were correlated with other typing techniques and linked to specific AMR signatures. Using a dynamic gene-by-gene approach, we performed the first genome-scale study of N. gonorrhoeae in Portugal, highlighting the genetic diversity of circulating strains, as well as potential transmission chains, which is essential to support epidemiological investigation. Finally, we evaluated a culture-independent strategy to obtain WGS data directly from clinical samples and its suitability for epidemiological surveillance and AMR detection. The findings presented in this dissertation constituted a turning point to consolidate the genomic epidemiology of gonococci in Portugal through the implementation of a WGS-based surveillance methodology in the Portuguese NIH. Ultimately, this work enhances N. gonorrhoeae surveillance by promoting the prospective monitoring of genogroup frequency and geographic spread, towards more oriented Public Health actions to control the spread of N. gonorrhoeae AMR.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».